Na de inspraakreactie in 2002 duurde het tot 2005 voordat het bestemmingsplan Marken werd vastgesteld. In 2006 haalde de Raad van Staten een streep door alle bouwlocaties omdat de gemeente had verzuimd om de preciese hoeveelheid te bouwen huizen op te nemen. Dit werd gerepareerd in het “Woningbouwprogramma tot 2020” dat eind 2006 werd aangenomen. De Bennewerf stond op de tweede plaats, te bouwen voor 2014.
In 2007 gooide minister Cramer roet in het eten door tijdens een informele bijeenkomst de stellige uitspraak te doen dat er niet gebouwd ging worden in de regio Waterland. Koortsachtig overleg tussen het rijk, de provincie en de betrokken gemeenten volgde en resulteerde in een pilot om bouwen in de rijksbufferzone toch mogelijk te maken. Niet dat Marken van oorsprong bij de rijksbufferzone Purmerend/Amsterdam hoort: die is bedoeld om er voor te zorgen dat de ruimte tussen Purmerend en Amsterdam groen blijft en een eiland bouw je niet zo gemakkelijk vast aan voornoemde steden. Door het ministerie van Binnenlandse Zaken is toegegeven dat Marken inderdaad van oorsprong niet bij deze bufferzone hoort, maar het zou te veel tijd kosten om dit ongedaan te maken.
In 2009 werd de pilot “Waterlands Wonen” eindelijk ondertekend. De Bennewerf was er in opgenomen en een project in Volendam (De Lange Weren) met 740 woningen plus nog 100 vrij te bepalen woningen in de regio. In ruil werd een afdracht overeengekomen van € 10.000,- per woning. Dit geld was bedoeld voor het bevorderen van toeristische voorzieningen. Niets leek de bouw van de terp nog in de weg te staan.
Het voorontwerpbestemmingsplan “De Bennewerf” werd in januari 2011 ter inzage gelegd en na heel veel politieke strubbelingen vastgesteld. De nota waarin alle bezwaren gefundeerd verworpen zijn, kwam pas in 2014 tot stand.
Maar helaas lag het project vanaf 2012 stil omdat de AWM, wegens financieel wanbeleid in zeer zwaar weer was gekomen. Een fusie met de – veel grotere – Wooncompagnie was onvermijdelijk. Na de fusie deed de Wooncompagnie er alles aan om onder de samenwerkingsafspraken met de bedenkers van het plan uit te komen en ging in zee met een commerciële partij. Omdat deze partij niet akkoord ging met de voorwaarden die de gemeente stelde: 40% sociaal en uitvoering van het voorliggende (bestemming)plan, trok de gemeenteraad van Waterland in januari 2016 de stekker uit het project.
Voor de uitwerking van het ontwerp is toestemming van het ministerie van Binnenlandse Zaken en Monumentenzorg om af te wijken van het huidige bouwbesluit wat betreft de plafondhoogte’s en deuren. Dit om de terp zoveel mogelijk aan te laten sluiten bij de historische bouwwijze op Marken en de vereisten in het bestemmingsplan Marken wat betreft de goot- en nokhoogte’s. Onder het huidige bouwbesluit zouden de huizen substantieel hoger worden dan de bestaande bouw en dat werd in de historische context niet wenselijk geacht.